fa بررسی مسیرهای سیگنالی دخیل در تقابل عفونت ویروس‌های فرصت‌طلب با سلول‌های لنفوسیت T کمکی بیوانفورماتیک Bioinformatics پژوهشي اصیل Original Article <div style="text-align: justify;"><span style="line-height:2;"><span style="font-size:12px;"><span style="color:#000000;"><span style="font-family:Tahoma;"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><b><span lang="FA">مقدمه:</span></b><span lang="FA"> افرادی که سیستم ایمنی ضعیفی دارند سریع</span><span dir="LTR">‌</span><span lang="FA">تر به عفونت‌های فرصت‌طلب (</span><span dir="LTR">OIs</span><span lang="FA">) مبتلا&nbsp; می</span><span dir="LTR">‌</span><span lang="FA">شوند. یافتن ارتباط ویروس‌ها و مسیر‌های سیگنالی مرتبط با عفونت‌های این ویروس‌ها مثل اپشتین بار ویروس (</span><span dir="LTR">EBV</span><span lang="FA">‌</span><span lang="FA">) و سایتو مگالو ویروس (‌‌</span><span dir="LTR">CMV</span><span lang="FA">‌</span><span lang="FA">) نقش قابل ملاحظه</span><span dir="LTR">‌</span><span lang="FA">ای در بررسی ارتباط آن‌ها با سلول‌های لنفوسیت </span><span dir="LTR">T</span><span lang="FA"> کمکی دارند. در این مطالعه با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیک به بررسی و کاندید نمودن ژن‌های موجود در مسیرهای وابسته به عفونت ویروس‌های فرصت طلب با سلول‌های لنفوسیت&nbsp; </span><span dir="LTR">T</span> <span lang="FA">کمکی پرداخته شد.</span></span></span><br> <span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><b><span lang="FA">روش:</span></b><span lang="FA"> در این مطالعه با مراجعه به پایگاه داده </span><span dir="LTR">GEO</span> <span lang="FA">دیتاست مناسب برای آنالیز انتخاب گردید. این دیتاست شامل پروفایل بیان ژنی در عفونت ویروس‌های </span><span dir="LTR">EBV</span><span lang="FA"> و </span>&nbsp;<span dir="LTR">CMV</span><span lang="FA">بود. کلاسترهای ژنی با بیان بالا و پایین دسته</span><span dir="LTR">‌</span><span lang="FA">بندی شدند. برای ارزیابی دقیق‌تر داده از پایگاه‌های داده غنی همچون </span><span dir="LTR">Enrichr</span><span lang="FA">، </span><span dir="LTR">STRING</span> <span lang="FA">و </span><span dir="LTR">Networkanalyst</span> <span lang="FA">استفاده شد. در نهایت ژن</span><span dir="LTR">‌</span><span lang="FA">های کاندید شده جدا و ارتباط پروتئینی آن‌ها نیز سنجیده شد.</span></span></span><br> <span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><b><span lang="FA">نتایج:</span></b><span lang="FA"> 964 ژن با بیان بالا و 837 ژن با بیان پایین در مسیرهای پیشرفت عفونت ویروسی‌های فرصت طلب با لنفوسیت‌ها نقش دارند. مسیر‌های چرخه سلولی، استرس اکسیداتیو، سنتز </span><span dir="LTR">RNA</span> <span lang="FA">و </span><span dir="LTR">TGFB</span> <span lang="FA">به صورت بارزی مشاهده شدند.</span><span dir="LTR" style="font-size:12.0pt"></span></span></span><br> <span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><b><span lang="FA">نتیجه‌گیری:</span></b> <span lang="FA">مطالعه حاضر نشان داد که پروتئین‌ها و ژن‌های مهمی در تقویت التهاب ویروس های فرصت‌طلب همچون اپشتین بار و سایتومگالو ویروس نقش عمده‌ای داشته که از میان آن‌ها </span><span dir="LTR">CDK2</span><span dir="LTR">, </span><span dir="LTR">CCNB1</span><span dir="LTR">, </span><span dir="LTR">GSK3B</span><span dir="LTR">, </span><span dir="LTR">SRC</span> <span lang="FA">و </span><span dir="LTR">SMAD3</span> <span lang="FA">نقش بارزتری را نشان دادند.</span></span></span></span></span></span></span><span style="color:#000000;"><span style="font-family:Tahoma;"><span style="line-height:115%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span dir="LTR"><span style="line-height:115%"><span style="font-family:"Times New Roman",serif"></span></span></span></span></span></span></span></span></div> <div style="text-align: justify;"><span style="line-height:2;"><span style="font-size:12px;"><span style="font-family:Tahoma;"><span style="unicode-bidi:embed"><span style="color:black"><b>Introduction:</b> People with weakened immune system are more prone to opportunistic infections (OIs). Finding the association of these viruses and the transmission pathways associated with these viruses, such as EBV and CMV, play a significant role in investigating their association with helper T lymphocytes. In this study, bioinformatics analysis was used to examine and candidate genes in pathways associated with opportunistic viruses with helper T lymphocytes.</span></span><br> <span style="unicode-bidi:embed"><span style="color:black"><b>Method:</b> In this study, by referring to the GEO database, a suitable database was selected for analysis. This dataset included gene expression profiles in EBV and CMV virus infections. Gene clusters were classified into high and low expression. Rich databases such as Enrichr, STRING, and Networkanalyst were used to evaluate the data more accurately. Finally, the candidate genes were isolated and their protein binding was measured.</span></span><br> <span style="unicode-bidi:embed"><span style="color:black"><b>Results:</b> 964 high-expression genes and 837 low-expression genes are involved in the progression of opportunistic viral infections with lymphocytes. Cell cycle pathways, oxidative stress, RNA synthesis and TGFB were significantly observed. </span></span><br> <span style="unicode-bidi:embed"><span style="color:black"><b>Conclusion:</b> The present study showed that important proteins and genes played a major role in enhancing the inflammation of opportunistic viruses such as Epstein-Barr and Cytomegalovirus, among which CDK2, CCNB1, GSK3B, SRC, and SMAD3 showed a more prominent role in this pathway.</span></span></span></span></span></div> اپشتین بار ویروس, پروفایل بیان ژن, آنالیز بیوانفورماتیک, سایتو مگالو ویروس, ویروس‌های فرصت طلب Epstein Barr Virus, Gene Expression Profile, Bioinformatics Analysis, Cytomegalovirus, Opportunistic Viruses 201 213 http://jhbmi.ir/browse.php?a_code=A-10-762-2&slc_lang=fa&sid=1 Parisa Hassanzadeh پریسا حسن زاده pari.hasanzadeh1397@gmail.com 10031947532846009578 10031947532846009578 No MSc. in Biology, Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Islamshahr Branch of Islamic Azad University, Islamshahr, Tehran, Iran کارشناس ارشد زیست‌شناسی، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد اسلامشهر، دانشگاه آزاد اسلامی، اسلامشهر، تهران، ایران Mahnaz Mohammadi مهناز محمدی mh_mohamadi@yahoo.com 10031947532846009579 10031947532846009579 Yes Ph.D. in Biology, Assistant Professor, Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Islamshahr Branch of Islamic Azad University, Islamshahr, Tehran, Iran دکتری زیست شناسی، استادیار، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد اسلامشهر، دانشگاه آزاد اسلامی، اسلامشهر، تهران، ایران Saba Taheri صبا طاهری sabataheri@yahoo.com 10031947532846009580 10031947532846009580 No Ph.D. in Biology, Assistant Professor, Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Islamshahr Branch of Islamic Azad University, Islamshahr, Tehran, Iran دکتری زیست شناسی، استادیار، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد اسلامشهر، دانشگاه آزاد اسلامی، اسلامشهر، تهران، ایران