Journal of Health and Biomedical Informatics

fa بررسی میکروارناهای دخیل در ایجاد فاز حاد هپاتوسلولار کارسینوما به واسطه ویروس هپاتیت C Investigating the microRNAs Involved in the Acute Phase of Hepatocellular Carcinoma Caused by Hepatitis C Virus بیوانفورماتیک Bioinformatics پژوهشي اصیل Original Article <div style="text-align: justify;">مقدمه:  هپاتوسلولار کارسینوما یکی از سرطان‌های شایع در دنیا  است. در این مطالعه با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیک به بررسی و کاندید نمودن ژن‌های موجود در مسیرهای هپاتوسلولار کارسینوما با HCV پرداخته شد. روش کار: با مراجعه به پایگاه داده GEO دیتاست مناسب برای آنالیز انتخاب گردید. این دیتاست شامل پروفایل بیان ژنی در هپاتوسلولار کارسینوما همراه با HCV بود. کلاسترهای ژنی با بیان بالا و پایین دسته‌بندی شدند. همچنین از پایگاه‌های داده غنی همچون Enrichr، STRING و GEPIA استفاده شد. در نهایت ژن‌های کاندید شده جدا شدند. یافته‌ها: 512 ژن با بیان بالا و 500 ژن با بیان پایین در مسیرهای پیشرفت سرطان هپاتوسلولار کارسینوما نقش داشتند. مسیر‌های چرخه سلولی، چسبندگی سلولی، AMPK, PPAR و MAPK به صورت بارزی مشاهده شدند. پس از ارزیابی ارتباط بین شبکه‌های پروتئینی، ADH4, FBP1 و ACS1 افزایش بیان و ژن‌های CDK4 و E2F1 و MAPK3  کاهش بیان داشتند. تمامی این ژن‌ها در منحنی بقا، در بازه حدود 15 ماه، زنده مانی بیماران کمتر از 20% مشاهده شدند.  mir-21-5p، hsa-mir-24-3p و hsa-mir-25-3p به صورت بارزی در تنظیم این ژن‌ها مؤثرتر بودند. نتیجه‌گیری: آنالیزهای بیوانفورماتیک ژن‌های کلیدی و مهمی را با بررسی در سطح داده‌های پروفایل بیان ژن معرفی کردند، ژن‌های ADH4, FBP1 و ACS1 افزایش بیان و ژن‌های CDK4 و E2F1 و MAPK3  کاهش بیان داشت. که می‌توانند نقش مهمی را در هدف قرار دادن ژن‌های دخیل در هپاتوسلولار کارسینوما با HCV به همراه داشته باشند.</div> <div style="text-align: justify;">Introduction: Hepatocellular carcinoma is one of the most common cancers in the world. In this study, we examined and nominated the genes present in the pathways of hepatocellular carcinoma associated with HCV using bioinformatics analysis. Method: The appropriate dataset for analysis was selected from the GEO database. This dataset included gene expression profiles in hepatocellular carcinoma associated with HCV. Gene clusters with high and low expression levels were categorized. Rich databases such as Enrichr, STRING, and GEPIA were also used. Finally, the candidate genes were isolated. Results: A total of 512 genes with high expression and 500 genes with low expression were involved in the progression pathways of hepatocellular carcinoma. The pathways associated with the cell cycle, cell adhesion, AMPK, PPAR, and MAPK were clearly observed. After evaluating the relationship between protein networks, ADH4, FBP1, and ACS1 showed increased expression, while CDK4, E2F1, and MAPK3 genes displayed decreased expression. All these genes were noted in the survival curve; over a period of about 15 months, the survival rate of patients was less than 20%. miR-21-5p, hsa-miR-24-3p, and hsa-miR-25-3p were significantly more effective in regulating these genes. Conclusion: Bioinformatics analyses of key and important genes were introduced through the examination of gene expression profile data. ADH4, FBP1, and ACS1 genes showed increased expression, whereas the CDK4, E2F1, and MAPK3 genes displayed decreased expression, which may play an important role in targeting the genes involved in hepatocellular carcinoma associated with HCV.</div> هپاتوسلولار کارسینوما, MiRNAs, پروفایل بیان ژن, آنالیز بیوانفورماتیک, ویروس هپاتیت C Hepatocellular Carcinoma, MiRNAs, Gene Expression Profile, Bioinformatics Analysis, Hepatitis C virus 186 202 http://jhbmi.ir/browse.php?a_code=A-10-762-4&slc_lang=fa&sid=1 Seyedeh Fatemeh Mousavi Kardar سیده فاطمه موسوی کاردار nazaninmousavi1374@gmail.com 100319475328460010590 100319475328460010590 No MSC in Biology, Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Islamshahr Branch of Islamic Azad University, Islamshahr, Tehran, Iran کارشناس ارشد رشته میکروبیولوژی، گروه زیست شناسی، دانشگده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد اسلامشهر دانشگاه آزاد اسلامی، اسلامشهر، تهران، ایران Mahnaz Mohammadi مهناز محمدی mh_mohamadi@yahoo.com 100319475328460010591 2162-3376-0002-0000 Yes Assistant Professor, Department of Biology, IsI.C., Islamic Azad University, Islamshahr, Iran. استادیار، گروه زیست شناسی، واحد اسلامشهر، دانشگاه آزاد اسلامی، اسلامشهر، ایران Behnaz Esfandiari بهناز اسفندیاری me_esfandiari2000@yahoo.com 100319475328460010592 5830-0730-0002-0000 No Assistant Professor, Department of Biology, IsI.C., Islamic Azad University, Islamshahr, Iran. استادیار، گروه زیست شناسی، واحد اسلامشهر، دانشگاه آزاد اسلامی، اسلامشهر، ایران