دوره 10، شماره 4 - ( 12-1402 )
جلد 10 شماره 4 صفحات 366-357 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Ghasemi M, Zamani J, Minuchehr Z, Shamsara M. In Silico Modeling of a Mutant Cas9 Protein for High-Fidelity Genome Editing. jhbmi 2024; 10 (4) :357-366
URL: http://jhbmi.ir/article-1-838-fa.html
URL: http://jhbmi.ir/article-1-838-fa.html
قاسمی مهسا، زمانی جواد، مینوچهر زرین، شمس آرا مهدی. مدل‌سازی in silico یک پروتئین Cas9 جهش یافته با هدف افزایش دقت ویرایش ژنوم. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1402; 10 (4) :357-366
دکتری تخصصی ژنتیک مولکولی، دانشیار، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، پژوهشکده زیست فناوری کشاورزی، گروه زیست فناوری دامی، تهران، ایران
چکیده: (242 مشاهده)
مقدمه: سیستم CRISPR/Cas، سیستم ایمنی اکتسابی باکتریها در مقابله با عوامل مهاجم خارجی است. پروتئین Cas9 باکتری استرپتوکوکوس پیوژنز، رایجترین پروتئین Cas استفاده شده در ویرایش ژنوم میباشد؛ اما پروتئینهای Cas9 دارای مشکلاتی مانند وقوع جهشهای نابه‌جا هستند که مانعی مهم در مسیر به کارگیری آنها برای مقاصد درمانی میباشد. هدف از این مطالعه، طراحی یوانفورماتیکی یک پروتئین Cas9 جهش یافته به منظور افزایش دقت آنزیم در امر ویرایش ژنوم است.
روش: در این مطالعه ابتدا با انتخاب برخی از جهشها و اعمال آن در پروتئین، Cas9 جدید به صورت in silico طراحی شد. با روش داکینگ مولکولی نحوه اتصال spCas9 جهش یافته و وحشی به DNA مورد بررسی قرار گرفت. در آخر، پایداری دو پروتئین جهش یافته و وحشی با استفاده از دینامیک مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفت.
نتایج: نتایج این مطالعه منجر به طراحی یک پروتئین جهش یافته با 5 جهش شد. نتایج داکینگ مولکولی امتیاز 1073/86- را برای پروتئین تیپ وحشی و امتیاز 349/41- را برای پروتئین جهش یافته نشان داد.
نتیجه‌گیری: بررسی داکینگ مولکولی نشان داد که از پیوندهای بین پروتئین و DNA در حالت جهش یافته کاسته شده است. همچنین، نتایج دینامیک مولکولی نشان داد که پایداری دو پروتئین جهش یافته و تیپ وحشی مشابه یکدیگر می‌باشند.
روش: در این مطالعه ابتدا با انتخاب برخی از جهشها و اعمال آن در پروتئین، Cas9 جدید به صورت in silico طراحی شد. با روش داکینگ مولکولی نحوه اتصال spCas9 جهش یافته و وحشی به DNA مورد بررسی قرار گرفت. در آخر، پایداری دو پروتئین جهش یافته و وحشی با استفاده از دینامیک مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفت.
نتایج: نتایج این مطالعه منجر به طراحی یک پروتئین جهش یافته با 5 جهش شد. نتایج داکینگ مولکولی امتیاز 1073/86- را برای پروتئین تیپ وحشی و امتیاز 349/41- را برای پروتئین جهش یافته نشان داد.
نتیجه‌گیری: بررسی داکینگ مولکولی نشان داد که از پیوندهای بین پروتئین و DNA در حالت جهش یافته کاسته شده است. همچنین، نتایج دینامیک مولکولی نشان داد که پایداری دو پروتئین جهش یافته و تیپ وحشی مشابه یکدیگر می‌باشند.
واژه‌های کلیدی: Cas9 با دقت بالا، دینامیک مولکولی، داکینگ مولکولی، CRISPR/Cas، مهندسی پروتئین، ویرایش ژن
فایل صوتی [MP3 1074 KB] (1 دریافت)
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
