دوره 11، شماره 2 - ( 6-1403 )
جلد 11 شماره 2 صفحات 148-131 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Nizamali M, Mohammadi M, Nezhad Ali Lampajani M. Bioinformatics Analysis of Metabolic Signaling Pathways in Glioblastoma Cancer Stem Cells. jhbmi 2024; 11 (2) :131-148
URL: http://jhbmi.ir/article-1-871-fa.html
URL: http://jhbmi.ir/article-1-871-fa.html
نظاملی مهدی، محمدی مهناز، نژادعلی لفمجانی معصومه. بررسی مسیرهای سیگنالی متابولیسمی در سلول‌های بنیادی سرطان گلیوبلاستوما به واسطه آنالیز‌های بیوانفورماتیک. مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی. 1403; 11 (2) :131-148
دکتری زیست شناسی، استادیار گروه زیست شناسی، گروه زیست شناسی، واحد اسلامشهر دانشگاه آزاد اسلامی ، اسلامشهر، تهران، ایران
چکیده: (210 مشاهده)
مقدمه: گلیوبلاستوما یکی از سرطان‌های شایع مغزی بوده که نرخ مرگ و میر بالایی دارد. در این مطالعه با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیک به بررسی و کاندید نمودن ژن‌های موجود در مسیرهای متابولیسمی سلول‌های بنیادی گلیوبلاستوما پرداخته شد.
روش کار: در این مطالعه با مراجعه به پایگاه داده GEO دیتاست مناسب برای آنالیز انتخاب گردید. این دیتاست شامل پروفایل بیان ژنی در سلول‌های بنیادی جدا شده از بیماران گلیوبلاستوما بود. کلاسترهای ژنی با بیان بالا و پایین دسته‌بندی شدند. برای ارزیابی دقیق‌تر داده از پایگاه های داده غنی همچون Enrichr، STRING و GEPIA استفاده شد. در نهایت ژن‌هایی کاندید و جدا شدند.
یافته‌ها: 1250 ژن در مسیرهای بیوسنتز کلسترول، متابولیسم اینوزیتول تری فسفات، متابولیسم گرانیل گرانیل دی فسفات، بیوسنتز زیموسترول و متابولیسم فسفاتیدیل اینوزیتول بیان بالا داشته و 1030 ژن در مسیرهای کوندروییتین سولفات، درماتان سولفات، N استیل گلوکوزآمین، مسیر گلیکولیز بیان پایین داشتند. پس از ارزیابی ارتباط بین شبکه‌های پروتئینی، ژن‌های با بیان بالا و ژن‌های با بیان پایین انتخاب شدند. تمامی این ژنها در منحنی بقاء، در بازه حدود 20 ماه، زنده مانی بیماران کمتر از 10% مشاهده شد.
نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که ژن DHCR7 به طور معنی‌داری افزایش بیان داشته و ژن ENO2 نیز به طور معنی‌داری کاهش بیان داشته و بقیه ژنها افزایش بیان و کاهش بیان نسبی داشتند.
روش کار: در این مطالعه با مراجعه به پایگاه داده GEO دیتاست مناسب برای آنالیز انتخاب گردید. این دیتاست شامل پروفایل بیان ژنی در سلول‌های بنیادی جدا شده از بیماران گلیوبلاستوما بود. کلاسترهای ژنی با بیان بالا و پایین دسته‌بندی شدند. برای ارزیابی دقیق‌تر داده از پایگاه های داده غنی همچون Enrichr، STRING و GEPIA استفاده شد. در نهایت ژن‌هایی کاندید و جدا شدند.
یافته‌ها: 1250 ژن در مسیرهای بیوسنتز کلسترول، متابولیسم اینوزیتول تری فسفات، متابولیسم گرانیل گرانیل دی فسفات، بیوسنتز زیموسترول و متابولیسم فسفاتیدیل اینوزیتول بیان بالا داشته و 1030 ژن در مسیرهای کوندروییتین سولفات، درماتان سولفات، N استیل گلوکوزآمین، مسیر گلیکولیز بیان پایین داشتند. پس از ارزیابی ارتباط بین شبکه‌های پروتئینی، ژن‌های با بیان بالا و ژن‌های با بیان پایین انتخاب شدند. تمامی این ژنها در منحنی بقاء، در بازه حدود 20 ماه، زنده مانی بیماران کمتر از 10% مشاهده شد.
نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که ژن DHCR7 به طور معنی‌داری افزایش بیان داشته و ژن ENO2 نیز به طور معنی‌داری کاهش بیان داشته و بقیه ژنها افزایش بیان و کاهش بیان نسبی داشتند.
فایل صوتی [M4A 4353 KB] (12 دریافت)
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
